במקרים רבים, מזהים מנהלי הארגון כי קיימת בעייה ארגונית אך אינם יודעים "לשים את האצבע" על מהותה ומקורותיה.
על מנת שהיעוץ הארגוני יתן מענה אפקטיבי אשר יביא לשיפור בארגון יש לבצע אבחון בארגון.
מטרת האבחון הינה זהוי מערכתי אינטגרטיבי של נקודות החוזק והחולשה של המערך הארגוני, ניתוח הגורמים והמלצות לשינוי.
האבחון נעשה באמצעות שיטות וכלים מתקדמים ומגוונים.